耕地保护与农业的关系最密切。
    一是耕地数量变化的问题。考虑我国1990年到2010时段的耕地变化情况。考虑经济发展、食物结构变化、人口增加、区域生态环境等因素，研究得出我国耕地减少量最多的集中在两个地区：农牧交错带和大城市郊区，其中大城市减少比农牧交错带少。研究的最终结论表明：到2010年耕地净减少为1.8亿亩（1.8亿亩为到2010年的累计净减少），也就是到2010年我们的耕地保有量将减少到17.9亿亩左右。实际上,从现在看来，到2010年17.9亿亩不一定能保得住，可能还会少。因为，虽然研究时重点考虑了农牧交错带生态平衡问题，但现在生态退耕的政策力度要比我们研究时估计的大。
    第二是与农业可持续发展的土地质量问题有关的，也就是关于土地有机质的含量减少的研究。具体方法是通过做模型来计算土壤的碳储量增减状况。研究的结果表明：全国每年土壤含碳的储量平均以1%的速度减少，尤其在吉林、辽宁、内蒙地区等黑土地地区更是以每年3%的平均速度在减少。这个数字说明我国整体上的土地质量呈现下降趋势，这也与国家环保总局从环境角度所持的观点一致，这对农业来说形势确实比较严峻。另外，在这项研究中，还得出一个结论：目前口粮对城市来说是不断下降的，例如：1990年城市人均口粮只有130公斤，农村大概262公斤；2000年城市人均口粮80公斤，农村240公斤。
    在农业方面还有一个关于粮食转换研究。研究分析表明，饲料粮占粮食消费比例，1981-1985年大概占20%，1986-1990年占23%，1991-1995年占27%，1996-2000年占30%左右，2001年大约为33%左右；据预测到2020年为45%，2030年为50%。目前美国所占比例大约为70%左右。这些研究结果对农业来说很重要，从耕地保护方面来说，到底需要多少耕地来保障粮食安全，应该把这些因素都考虑进去。
    从国家角度来看，经济发展与保护耕地是有矛盾的，矛盾主要是解决三农问题的需要。根据人口学的观点，农民增收主要办法是转移农村人口，基本途径是发展小城镇、工业化，将农民转移出去。城市化、城镇建设、基础设施建设需要占用土地，特别是耕地，这与耕地保护相矛盾。
    第二，粮食平衡不一定是区域性的，应是全国一盘棋。五年前浙江提出，为保证粮食安全，必须确保耕地。但事实是，不仅耕地没保住，而且农民的意见很多，矛盾很多；相反，不在浙江搞粮食任务了，把它放在黑龙江，浙江、黑龙江双方都高兴。如果能够采取这个思路（实际上是省际间异地代保思路），也对耕地保护影响很大。另外，今后要考虑加入WTO还可以利用国外市场，以及占补平衡中各地区之间在土地质量上的差异，例如，从生产能力上浙江一亩地相当于内蒙古的1.8亩地，城市占用的耕地要优于山区补的地，这些都应该在具体的耕地保护政策中体现。
    第三，规划数字的调整问题。目前如果规划不调整，在实际中就会与现行的政策矛盾，具体怎样处理，一是耕保部门应与农业等相关部门作一些协调和合作，从保障粮食安全的角度，根据经济发展的状况，考虑国内外市场的实际情况，确定出高、中、低方案各是多少，确定比较合适的规模，进而确定需要保护的耕地是多少，实事求是地出台一些操作性强的政策。二是要应用市场机制来保护耕地，如果单纯依靠行政，总会"上有政策，下有对尤其是近来三农问题很突出，农民增收非常困难，靠行政压制难免会出问题。而且，我国耕地保护的整个政策体系还有很多不完善的地方，如在农业税方面，目前国际上只有中国和越南仍实行农业税政策，包括特产税等，而越南近期内要取消，美国不但不收农业税，而且给农民补贴，大概每公顷100-150美元，而我国农业税，正好是1公顷100-150美元，折合每亩地大概是150-200元，从这一点看，农业问题还很多。